9 bị cáo được đưa ra xét xử trong vụ án này gồm: Phạm Thanh Bình, nguyên chủ tịch HĐQT kiêm Tổng giám đốc Vinashin; Trần Quang Vũ, nguyên Tổng giám đốc Vinashin; Trần Văn Liêm, nguyên Trưởng ban kiểm soát tập đoàn; Nguyễn Văn Tuyên, nguyên Giám đốc công ty cổ phần Công nghệ tàu thủy Hoàng Anh cùng các bị cáo: Nguyễn Tuấn Dương, Tô Nghiêm, Trịnh Thị Hậu, Hoàng Gia Hiệp, Đỗ Đình Côn là nguyên các cán bộ ở Vinashin.

2 bị can Hồ Ngọc Tùng (nguyên Tổng giám đốc Công ty tài chính TNHH một thành viên Công nghiệp tàu thủy) và Giang Kim Đạt (nguyên Trưởng phòng kinh doanh Công ty vận tải viễn dương Vinashin) đã bỏ trốn.

Theo cáo trạng dài 32 trang của Viện KSND tối cao, bị cáo Phạm Thanh Bình cùng các đồng phạm đã lợi dụng chức vụ, quyền hạn cố ý làm trái các quy định của Nhà nước về quản lý kinh tế trong lĩnh vực đầu tư, quản lý, sử dụng vốn và tài sản của Nhà nước ở năm dự án với tổng thiệt hại trên 910 tỷ đồng.

Các dự án bao gồm:[1]

• Dự án mua tàu Hoa Sen gây thiệt hại cho nhà nước số tiền hơn 469,5 tỷ đồng;

Theo cáo trạng, ông Bình (với tư cách là người tổ chức) và các đồng phạm đã cố ý làm trái khi thực hiện một số hành vi như không thực hiện chỉ đạo của Thủ tướng, phê duyệt mua tàu trước khi lập và thẩm định dự án, không thực hiện thủ tục chào hàng cạnh tranh, không quyết toán vốn dự án… Hậu quả của những hành vi này, theo giám định, đã gây thiệt hại cho Vinashin nói riêng và ngân sách nói chung gần 470 tỷ đồng, trong đó riêng tiền lãi vay và chi phí vay vốn đã lên tới hơn 464 tỷ[2].

• dự án đầu tư xây dựng nhà máy nhiệt điện Sông Hồng (tỉnh Nam Định) là hơn 316,5 tỷ đồng;
• Dự án đầu tư xây dựng Nhà máy nhiệt điện Diezel Cái Lân gây thiệt hại hơn 66,5 tỷ đồng;
• Dự án đầu tư tàu Bình Định Star gây thiệt hại hơn 30,4 tỷ đồng và
• Việc bán vỏ tàu Bạch Đằng Giang gây thiệt hại hơn 27,3 tỷ đồng.